Elma sirkesi, iki aşamalı bir süreçte yapılır. İlk adım ezilmiş elma ve kabuklarının mayalanmaya bırakılmasıdır. Mayalanma sırasında elmanın içeriğinde bulunan şekerler fermente olarak alkole dönüşür. İkinci aşamada, elde edilen alkol çözeltisine bakteriler eklenir. Bu bakteriler ileri fermantasyon sağlayarak alkol çözeltisini elma sirkesinin ana aktif bileşiği olan asetik asit ve diğer şeker asitlerine dönüştürür.
Organik, filtrelenmemiş elma sirkesi, ürüne bulanık bir görünüm veren ve “sirke anası” olarak isimlendirilen protein, enzim ve yararlı bakterilerden oluşan bir karışımı da içerir. Sirke anası, aynı zamanda sirkenin fermantasyon sürecinde kullanılan bir tür mayadır. Bazı otoriteler sirke anasının sağlık yararlarının çoğunda etkili kısım olduğuna inanmakta; ancak şu anda bunu destekleyecek yeterli çalışma bulunmamaktadır